JAL健保組合は、健康保険の運営を政府に代わって行う公法人です。加入事業所（会社等）とそこで働く人たち（被保険者）によって構成されており、各々が保険料を出し合っています。そして、事業主と被保険者の代表により、健康保険法の規定に従って、自主的に運営されています。

組合会は最高の議決機関です。規約、保険料、事業計画、予算、決算など重要事項を決めます。組合会は、事業主が選んだ選定議員と被保険者が選挙で選んだ同数の互選議員で構成されています。

理事会は、組合会で決定したことを執行する機関です。理事会は、選定議員と互選議員の中から選ばれた、それぞれ同数の理事で構成されています。